1. 保険医療機関
  2. 労働災害者保証保険指定医療機関
  3. 母体保護法指定医療機関
  4. 結核予防法指定医療機関
  5. 生活保護法指定医療機関
  6. 戦傷病者特別援護法指定医療機関
  7. 原爆医療法指定医療機関
  8. 母子保健法指定医療機関（養育医療）未熟児医療
  9. 特定疾患治療研究事業指定医療機関
  10. 小児特定疾患治療研究事業指定医療機関
  11. 身体障害者福祉法指定医療機関（更生医療）18歳以上、肝臓に係わるもの
  12. 指定自立支援医療機関（精神通院医療）てんかん
  13. 指定自立支援医療機関（育成医療・更生医療）腎臓に関する医療
  14. 指定自立支援医療機関（育成医療・更生医療）心臓脈血管外科に関する医療
  15. 児童福祉法指定医療機関（育成医療）
  16. 精神保健法指定医療機関
  17. 沖縄県肝がん重度肝硬変治療研究促進事業による指定医療機関

2024年4月現在